Nguy cơ liên quan với những kết quả của dự án thường được xử lý bằng cách sử dụng lý thuyết xác suất. Điều này có thể được tính vào tỷ lệ chiết khấu (có sự không chắc chắn ngày càng tăng theo thời gian), nhưng thường được xem xét một cách riêng biệt. Xem xét cụ thể được phát cho lo ngại rủi ro, ưu đãi hợp lý để tránh mất hơn đạt được. Tính toán hoàn vốn dự kiến không tài khoản cho các hiệu ứng bất lợi của sự không chắc chắn.[cần dẫn nguồn]

Tính không chắc chắn trong các thông số CBA (trái ngược với nguy cơ thất bại dự án, vv) có thể được đánh giá bằng cách sử dụng một phân tích độ nhạy, trong đó cho thấy làm thế nào kết quả đáp ứng với những thay đổi của tham số. Ngoài ra một phân tích rủi ro chính thức hơn có thể được thực hiện bằng cách sử dụng mô phỏng Monte Carlo.[4]